История "Ворсклы" берет свое начало в 1955 году, когда в Полтаве была создана команда "Колхозник". Выиграв Кубок УССР среди коллективов физкультуры, "Колхозник" был заявлен в Чемпионат СССР среди команд класса Б. До 1982 года полтавчане, которые сменили названия "Колос", "Сельстрой" и "Строитель" выступали во второй лиге союзного чемпионата, но особых успехов не добились. Наконец, заняв последнее место в украинской зоне второй лиги, "Колос" был расформирован. В 1984 году полтавскую команду возродили, при этом уже под привычным названием "Ворскла". Вскоре (в 1988 году) полтавчане едва не пробились в Первую лигу, заняв второе место.

С 1991 года "Ворскла" принимала участие в Первой лиге Украины, а в сезоне 1995/96 выиграла чемпионат, набрав рекордные 103 очка. Следующий сезон стал для "Ворсклы" самым успешным в истории выступлений в элитных чемпионатах. Команда под руководством Виктора Пожечевского завоевала бронзовые награды, что позволило в следующем сезоне стартовать в Кубке УЕФА, но, пройдя рижскую Даугаву, Ворскла уступила Андерлехту.

В дальнейшем полтавчан большие достижения обходили стороной, пока на тренерский мостик не взошел Николай Павлов. При нем в сезоне 2008/09 Ворскла завоевала Кубок Украины, победив в финале донецкий "Шахтер" со счетом 1:0. Победный гол забил Василий Сачко.

В сезоне 2010/11 Ворскла стартовала в основном этапе Лиги Европы, однако в группе со "Стандартом", "Ганновером" и "Копенгагеном" заняла последнее место. Летом 2012 года Полтаву покинул Николай Павлов, его сменил Вадим Евтушенко, однако после неудачного старта и.о. главного тренера был назначен Сергей Свистун.

За "Ворсклу" в разные годы выступали такие известные футболисты как Виталий Старухин, Иван Шарий, Андрей Ковтун, Сергей Чуйченко, Иван Яремчук, Александр Мелащенко, Сергей Кравченко, Сергей Нагорняк, Андрей Пятов, Василий Сачко, Эдуард Цихмейструк, Сергей Закарлюка и другие.